Bruker propose de nouveaux outils de spectrométrie de masse à très haute résolution pour faire avancer la biologie tumorale
Le fabricant américain a annoncé le lancement du système timsMRMS, alliant séparation par mobilité des ions piégés et spectrométrie de masse par résonance magnétique, à ultra-haute résolution. Exemple de son utilité dans la recherche en biologie tumorale.
« Le timsMRMS redéfinit la spectrométrie de masse à très haute résolution des mélanges complexes, notamment grâce à une avancée fondamentale : la séparation en phase gazeuse TIMS de la détection MRMS », précise le communiqué de Bruker. Ce système offrirait des performances inégalées pour diverses applications, de la caractérisation moléculaire en pétroléomique à l’analyse de la matière organique dissoute, en passant par l’identification des biocarburants et la recherche sur les batteries dans l’industrie énergétique.
La protéomique passe un cap
Le communiqué de Bruker annonce que les avancées majeures de timsUltra AIP et de timsOmni, les flux de travail razor-PASEF, ainsi que les logiciels Spectronaut 21 et OmniScape ont fait progresser la protéomique jusqu’à plus de 10 000 protéines par échantillon, soit plus de 6 500 protéines à raison de 500 échantillons par jour. La caractérisation descendante, sensible et riche en informations, serait quatre fois plus sensible pour les protéiformes, les anticorps, les glycoprotéines et les oligonucléotides. Ceci présente l’intérêt de pouvoir sélectionner des thérapies en mesurant plus de 10 000 protéines dans des échantillons FFPE. Frank H. Laukien, PhD, président-directeur général de Bruker, a déclaré : « Les protéiformes constituent l’unité fondamentale des maladies moléculaires. Un seul gène code pour un groupe de protéines, mais peut donner naissance à plus de 50 variantes protéiques par le biais de variations génétiques, d’épissage alternatif, de modifications post-traductionnelles et de la maturation des protéines. À partir de seulement 20 000 gènes humains, ces processus biologiques génèrent plus d’un million de protéiformes humaines fonctionnelles distinctes – et parfois pathologiques. »
Application en biologie tumorale
Une initiative d’oncologie translationnelle menée par le professeur Stephan Singer de l’hôpital universitaire de Tübingen et le professeur Oliver Schilling de l’université de Fribourg, s’est concentrée sur des échantillons de biopsie de tissus FFPE pour identifier la biologie tumorale thérapeutiquement exploitable, découvrant des voies invisibles au niveau de l’ADN/ARN.
Stephan Singer précise dans le communiqué : « Dans les cas de cancers complexes, la génomique n’apporte pas toujours de réponses pertinentes pour la prise de décision, notamment avec les tissus fixés en paraffine et inclus en bloc (FFPE). Grâce à la protéomique basée sur la spectrométrie de masse timsTOF, nous quantifions systématiquement plus de 10 000 protéines dans des échantillons cliniques, en y intégrant l’activité des voies fonctionnelles, les dépendances métaboliques et les programmes de résistance spécifiques aux tumeurs. Ceci peut permettre de développer des stratégies thérapeutiques guidées par la protéomique, exploitant les vulnérabilités de signalisation et la reprogrammation métabolique, ou de découvrir de nouvelles cibles, là où le séquençage de nouvelle génération (NGS) est resté non concluant. »
